Die vielseitigen Joy-Con bieten überraschende neue Wege, Spiele zu erleben und Spaß zu haben. Die zwei Joy-Con können völlig unabhängig voneinander verwendet werden. Alternativ schließt man beide über die Joy-Con-Halterung zu einem einzigen Controller zusammen. Als dritte Option können beide Joy-Con mit der Konsole verbunden werden, um diese dann im Handheld-Modus zu verwenden. Wer mit anderen gemeinsam spielen möchte, gibt einfach einen Joy-Con an einen Freund - denn jeder Joy-Con weist die volle Anzahl an Knöpfen und Tasten auf und kann so als eigenständiger Controller verwendet werden. Jeder Joy-Con enthält einen eigenen Beschleunigungs- und einen Gyrosensor, sodass alle Bewegungen mit linkem und rechtem Joy-Con unabhängig voneinander ausgeführt werden können. Zudem verfügen beide Joy-Con über fortschrittliche HD-Vibration, mit der kompatible Spiele wesentlich realistischere Vibrationen bieten können als vorher. Der Joy-Con (R) besitzt zusätzlich einen NFC-Kontaktpunkt, um amiibo zu nutzen, sowie eine Infrarot-Bewegungskamera, die in speziell entwickelten Spielen Entfernung, Gestalt und Bewegung von Objekten in der Nähe erkennen kann.